两者的不同在于：
国有股权属于国有产权，在无偿划转时必须服从于国家行政管理的强制性规定，即受《企业国有产权无偿划转管理暂行办法》规范，按程序办理，不能逾越规定。
国有股权协议转让（无偿转让除），属于当事人（包括法人）的意思自治的协议行为，只要不违反法律法规，不损害国家和第三方利益都是有效的，程序要求没有前者那么严格。
