小三文鱼无法分辨公母，只有达到亚成个体才能分辨。
三文鱼雌鱼个头比雄鱼大。雌鱼体形较短且圆，雄鱼较长且瘦。
雄鱼的尾柄也比雌鱼略粗壮。由肚皮向上看，雌鱼的泄殖孔圆而稍大，呈椭圆状，柄端向前，近胸鳍，微向外凸而雄鱼的泄殖孔棱形稍小，如枣核，两端较尖，中间膨大，平而稍凹。
对于那些雌雄不同的鱼，在体色上略有差异，雄鱼一般颜色鲜艳，而雌鱼略淡一些
