w微生物菌是一种活性菌，施用时必须埋于土壤中，不能撒施于地表，一般深施7～10cm。由于生物菌对作物的根系和种子不造成任何伤害，所以菌肥施用时应限度地靠近作物根系，让其与作物根系限度地接触，才能发挥生物菌肥的肥效。
作种肥时，施于种子正下方2~3cm处作追肥时尽量靠近根系为好叶面喷施时，应在下午3时后进行，并喷施于叶的背面，防止紫外线杀死菌种。
