蝙蝠居住在阴暗、潮湿的环境，各类大、小山洞，古老建筑物的缝隙、天花板、隔墙以及树洞、山上岩石缝中，而一些南方食果的蝙蝠还隐藏在棕榈、芭蕉树的树叶后面。有些蝙蝠种群上千只在一起，有些蝙蝠雌雄在一起生活，有些则是雌雄分开栖息。
许多栖息在树林中的蝙蝠冬季时迁徙到温暖地区，有时要飞过数千里路。温带的穴居蝙蝠一般会冬眠。蝙蝠每年只繁殖一次，在较早的温暖季节，蝙蝠生产幼仔。
