三只眼奇异博士是反派吗

不是反派，第三只眼是奇异博士的武器阿戈摩托之眼。

奇异博士是美国漫威漫画旗下的超级英雄，被古一看中，收其为徒，传授他如何运用精神和咒语施展魔法，出师后的他化身奇异博士守卫世界，在师父古一阵亡后接替其位置，成为至尊魔法师，还加入了复仇者联盟。