长在庄稼田里的刺儿菜，生命力顽强，根系较发达，用草甘膦防治，可以致其死根，但一般死不彻底，过一段时间会复发。
在用草甘膦防治刺儿菜时，可以加一包复硝酚钠或芸苔素内酯，以促进杂草细胞活性，使药效更强。
还有一种叫二氯吡啶酸的除草剂，对刺儿菜防治有特效，对菊科植物和豆科植物杀灭性很强。但该除草剂除草谱窄，土壤残留时间长，在使用时必须注意。
