少年包青天3凤凰勾魂的凶手是金匮大夫
因为2年前他要跟他最小的徒弟如心成亲，但是他其他的3个徒弟不同意，因为在他们那个年代老夫少妻又是师徒关系是不被允许的，他那3个徒弟为了金大夫的声誉而杀了如心，但是金大夫以为他们是为了他的那本《金匮医术》才杀如心的，所以就杀了大徒弟唐大锥和二徒弟洛二白，三徒弟洛三阳是自杀的，因为他知道老大和老二是师父所杀，自己也为当初做的事而后悔，所以自杀了。
