新长铁路在靖江与江阴间经过长江，线路在通过长江时，并不是通过铁路桥的方式过江，而是通过铁路轮渡的方式过江，即火车坐船过江，新长铁路运营到江边时，要停下来，将火车分成几段，用轮渡运过去，然后再继续行驶。
两条渡轮可一次渡运27节货车箱，一般一列火车有50多节车厢，通常需要分两三次运过江，费时费力。
