《生化危机：启示录2》共有两个结局。
好结局达成条件：第3章由莫伊拉杀死尼尔。最后全员存活。
坏结局达成条件：第3章由克蕾儿杀死尼尔。莫伊拉由于没能克服恐惧而死去。在巴瑞篇最后，巴瑞没能救下娜塔莉亚，使得在娜塔莉娅体内的亚力克斯意识完全苏醒，娜塔莉亚用手干掉了变异体亚力克斯，并告诉巴瑞，叫她“亚力克斯”，然后剧情就结束了。
