当然承认
我国法律规定各种职称证书是要通过国家相应管理部门统一考核合格后获得的相关专业的职称证书,这个证书是受国家法律保护的。那么制药工程高级工程师证书也是要按照国家规定,严格按照该行业管理部门统一考核合格获得的,这个证书当然受法律保护